De missie van het Holomicrobiome Initiative is tweeledig:
- door het initiëren, coördineren, bundelen en integreren van onderzoek in uiteenlopende domeinen leren begrijpen en voorspellen hoe microbiomen in het Nederlandse voedselsysteem functioneren en onderling interacteren, en
- door middel van theoretische, in praktijkonderzoek gevalideerde computationele modellen vroeg bewijs aan te dragen voor de effectiviteit en veiligheid van innovatieve microbioom-gerichte toepassingsconcepten in alle domeinen.
Impliciet in deze missie is de doelstelling om, dankzij gerichte publieke en private investeringen, toekomstige innovaties en bedrijvigheid rond microbioom-gerichte toepassingen krachtig te stimuleren.