Het Holomicrobioom Initiatief beoogt de oprichting van het Holomicrobioom Instituut, een publiek/privaat instituut voor microbioom-onderzoek met een grensverleggende domein-overstijgende focus: microbiomen in mens, dier, plant, bodem en water, allen deel van het holomicrobioom van het Nederlandse voedselsysteem. Onderzoek van het Instituut strekt zich uit van akkers, afvalwater en gewassen tot landbouwhuisdieren, voedsel, consumenten en patiënten.
Het Holomicrobioom Instituut wordt een spin in een groot web van de kennisinstellingen, kennisorganisaties, innovatieve bedrijven en maatschappelijke organisaties die in Nederland betrokken zijn bij onderzoek en toepassingen gericht op microbiomen.
Op dit moment opereren al deze spelers nog in grotendeels afgescheiden kokers van verschillende domeinen. Het nieuwe Instituut brengt ze onder één paraplu bij elkaar en ondersteunt zo het creëren van de kennis die nodig is om de ontwikkeling en implementatie van innovatieve microbioom-gerichte toepassingen in alle domeinen mogelijk te maken en te versnellen.